Ur geografiskt perspektiv var det enda sättet för Janeway att korsa genom Borg-rymden att alliera sig med antingen Borg eller 8472.
Det allra första som 8472 gjorde när de mötte Voyager-besättningen var attack Harry Kim och stansade honom så hårt att han nästan dog av cellerna kvar i såret. Nästa sak som 8472 gjorde var att skjuta på deras fartyg med tillräcklig kraft för att få ett fartyg med massan och hållbarheten hos Voyager att snurra som en topp. Janeway tittade antagligen på detta och tänkte "Jesus! Dessa människor är mer fientliga än Borg!".
Samtidigt var det enda sättet att Voyagers besättning till och med kunde starta en allians att föra något till bordet. . De hade något för Borg, i form av nanoprober. Men de hade ingenting för 8472. Borg var det enda alternativet.
För att svara på din fråga om varför de inte använde alla tekniker som de hade till förfogande för en första kontakt försökte de kontakta 8472. Kes använde hennes telepati för att kontakta dem. 8472 sköt omedelbart på dem. Den här typen skapar ett dåligt prejudikat.
Ja, ingen av dem tyckte om Borg alls. Men 8472 var mer av "Vi hatar er alla!" snarare än "Vi hatar Borg!". Inte bara flyger detta direkt mot Janeways rektorer, vilket i bästa fall skulle resultera i en instabil allians, men det är svårt att alliera sig med människor som föraktar dig.
Det fanns också en del av långsiktig planering. När 8472 var klar med Borg, som var inom mindre än några månader, skulle 8472 också rikta sig mot andra arter, "din galax kommer att rensas". Om dessa människor kan ta ut Borg på mindre än ett decennium, är resten av galaxen skruvad. Detta var det smarta steget på lång sikt.
Sammanfattningsvis allierade Janeway sig med Borg, för det var enligt hennes mening bokstavligen det enda alternativet.