Trots hela sin träning kände Yoda fortfarande något för Dooku
Filosofin om den gamla Jedi-ordningen (före Order 66) var icke-bindande och släppte sakerna, de som vänder sig till Dark Side stanna kvar osv ... Yoda själv, som ordens stormästare, höll fast vid dessa övertygelser och predikade dem offentligt många gånger för andra Jedi (inklusive Anakin, och mycket senare för sin son Luke).
Ändå finns det antydningar om att Yoda aldrig riktigt accepterade Dookus svek, särskilt inte på ett sådant fristående och definitivt sätt. I sista avsnitt av Clone Wars (ja, final innan Disney börjar blanda sig :)) möter Yoda två gånger Dooku under sina Force visioner. I avsnittet Destiny har Yoda en vision om Jedi Temple i en alternativ tidslinje utan Clone War. Bland de andra Jedi finns Dooku, som agerar vänligt som ingenting har hänt mellan honom och Yoda. Yoda accepterar nästan denna vision innan han hittar styrka för att känna igen den som en illusion. Sedan i Destiny har Yoda en vision av honom och Anakin slåss mot Dooku och Sidious. Anakin slår Dooku och fortsätter att hugga av honom (på samma sätt som han gjorde senare i verkligheten). Yoda försöker stoppa honom förgäves.
Båda dessa visioner visar att Yoda fortfarande hade några anknytningar till Dooku, trots all Jedi-ortodoxi. Det fanns också en föraning från hans sida att så länge Dooku lever, höll Sith fortfarande något tillbaka. Det fanns fortfarande viss känsla av ära inom Dooku, och först med hans död skulle saker äntligen försämras till en brytpunkt. Vi har ingen uttrycklig beskrivning av Yodas reaktion på Dookus död, men efter det blev han mycket orolig över hotande hot som samlades över Jedi Order. Omedvetet ville Yoda antagligen ha Dooku tillbaka (första Force vision, spelar på hans önskningar, visar det), bara han kunde inte offentligt erkänna det. När Dooku dog dog alla Yodas förhoppningar med honom, inklusive hoppet att krig kunde lösas fredligt.