Låt mig citera från Memory Alpha-sidan om transportörer, betona min:
Inaktivera aktiva vapen
Vid 24-talet, transportören hade förmågan att inaktivera alla aktiva vapen under transport. Detta kan åstadkommas genom att ta bort den urladdade energin från transportsignalen eller genom att "avaktivera" själva vapnet. Transportsystemet inkluderade underrutiner för deaktivering av vapen för att kontrollera processen. (TNG: "The Most Toys", "The Hunted", "Rascals")
Transportören kunde också ta bort vapen helt under transport, en inställning som Starfleet kallar "Transport Protocol Five". När Defiant strålade ombord på överlevande från ett skadat Jem'Hadar-fartyg, var transportören programmerad att ta bort besättningens störare och andra vapen. (DS9: "Till döden")
Så ja, federationstransportörer från TNG-er har förmågan att inaktivera vapen. Det verkar som om denna förmåga måste aktiveras uttryckligen (och att den också fungerar med Ferengi-vapen); låt mig citera plot i TNG "Rascals" avsnitt:
[...] de börjar använda combadges för att stråla Ferengi bakom kraftfältet på transportören pad och vapenavaktiveringsprogrammet för att inaktivera deras sidvapen.
Den relevanta biten av skriptet för det avsnittet är ...
83 INT. SKOLRUM (OPTISKT) [...] UNGT PICARD [...] Vapnedeaktiveringsprogrammet är på plats ... Transportsäkerhetsfältet står vid ... Vi är redo. [...] 84AB FERENGI # 1 (OPTISK) Tittar förvånad på leksaken ... då DEMATERIALERAR han plötsligt. Ett slag och REMATERIALERAR sedan på Transporter-scenen. Ferengi # 1 är förbluffad ett ögonblick ... försök sedan att lämna scenen, men går in i ett styrka. Han chockade och drar i vapnet, men det fungerar inte.
... och du kan se LCARS-gränssnittet som de använde i det avsnittet för att aktivera "underrutin för deaktivering av vapen" i denna skärmdump:
Och vad gäller "protokoll fem", låt mig citera manuset till DS9-avsnittet "Till döden":
13 INT. DEFIANT - TRANSPORTER BAY [...] Lamporna lyser upp. Sisko vänder sig till Transporter Chief. SISKO Transporter protokoll fem. Engage. Chefen följer och [...] sex Jem'Hadar, ledd av FÖRSTA OMET'IKLAN, och en enda Vorta (WEYOUN) MATERIALISERAR på transportörplattan. Jem'Hadars händer är tomma men placerade som om de bar vapen. (I själva verket kan vi se lite gnistrar dröja kvar där vapnen var för ett slag och sedan försvinna.) Weyoun bär ett låst metallfodral. [...] SISKO Om du letar efter dina vapen, togs de bort under transport.
Varför tar transportprotokoll fem bort vapnen helt när avaktiveringsunderrutinen skulle ha räckt? Jag har ingen aning. Påverkar dessa också närstridsvapen (t.ex. blad)? Jag har heller ingen aning. Hur som helst har federationstransportörerna i TNG-eran förmågan att upptäcka vapen och antingen inaktivera eller ta bort dem.
Observera också att Enterprise-D lanserades år 2363 (stardate 40759.5), USS Defiant lanserades år 2370 (stardate 47538.5) och USS Voyager lanserades år 2371 (stardate 48038.5); vi kan säkert anta att all teknik som finns tillgänglig för Enterprise-D och Defiant var tillgänglig för Voyager, inklusive transportsäkerhetsprotokoll.